A l'ouest, la région englobe la partie orientale du massif central. Au centre, le pays est traversé par la Saône au nord, puis le Rhône qui traverse chacun des départements de la région. Cette partie centrale se distingue donc par ses vallées mais aussi par ses paysages typiques. Dans la partie la plus à l'est de la région, le relief est accidenté. L’eau et la montagne sont les deux caractéristiques fortes de la région. Les glaciers alpins, de nombreux lacs et plans d’eau et de grands cours d’eau assurent à la région une eau abondante et de qualité. La moyenne et la haute montagne constituent le cadre naturel de la majeure partie de la région : plus de la moitié du territoire se trouve ainsi à une altitude supérieure à 500 mètres.